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2量子化学初心者向け教科書2017/02/23(木) 11:59:20.64
【初歩の初歩】
中田宗隆「量子化学基本の考え方16章」「量子化学2分光学理解のための20章」

【基礎】
マッカーリ・サイモン「物理化学分子論的アプローチ」

【ちょっとだけ発展】
米沢貞次郎ほか「三訂量子化学入門」
藤永茂「入門分子軌道法分子計算を手がける前に」

3あるケミストさん2017/02/23(木) 18:20:07.03
もう少しで二桁スレキタ━━━━ヽ(゚∀゚ )ノ━━━━!!!!

4あるケミストさん2017/02/23(木) 18:59:07.68
あと6年かかるぞ

5あるケミストさん2017/02/23(木) 23:22:01.36
とりあえず1乙

6あるケミストさん2017/02/25(土) 01:09:08.32
DFTの汎関数に何を求めるか?ミネソタみたいな半経験的汎関数を使うのは抵抗があるな、計算コストが少ないdftの美点を失い、パラメータ漬けの計算になるのなら一層のことpbe0を流行らせたら良いのに

7あるケミストさん2017/02/26(日) 13:30:14.92
意識高いな、10MeVぐらい

8あるケミストさん2017/02/26(日) 16:28:23.53

9あるケミストさん2017/02/27(月) 23:43:14.61
汎関数、都合がよい結果がでるよう最初から3種くらい見ておきたいがそんな余裕はなく合成屋らしくB3LYPに

10あるケミストさん2017/02/28(火) 13:48:45.63
B3LYPより良いもの作ってからだな

11あるケミストさん2017/02/28(火) 21:57:11.22
基底関数の比較できるのデータベースてあるのな
知らなかったは
http://pc-chem-basics.blog.jp/archives/474103.html

12あるケミストさん2017/03/01(水) 19:16:18.19
>>11
こういう初歩的なサイトがあるとありがたいね

13あるケミストさん2017/03/01(水) 19:49:53.49
2017/2/27の記事を2017/2/28にここに貼り付けるなんて、なんて情報収集能力の高い人なんでしょうか

14あるケミストさん2017/03/01(水) 20:38:58.00
ははは
もっと褒めるがいい

15あるケミストさん2017/03/01(水) 21:07:59.26
>>6
まあ使えればなんでもいいんだがな
ただこの系には使えないこの系だとおkみたいなのいちいち確認するのが面倒
で結局真新しい汎関数には下手に手を出せない

16あるケミストさん2017/03/01(水) 21:50:10.71
m06で2倍くらい時間が掛かる、B3LYPと比べ。

172017/03/01(水) 22:29:30.01
150万円程度の中性子線測定器で正常値が0.00μSv/hのはずの中性子線が特定個人の元ではか不明だが測定されてしまう
https://www.youtube.com/watch?v=YAd1yvnUdC4

新幹線の中やその付近でも27万円程度の測定器で正常値が0.058μSv/hのはずのガンマ線が特定個人の元ではか不明だが最大測定値を上回る形で測定されてしまう
https://www.youtube.com/watch?v=2RtIvKyCfU0

ベータ線(ガンマ線)を一つ計測すると、一回"ピィ"と鳴る測定器で正常値が約55カウント/min程度のはずが観測者の自宅では大きくそれを上回ってしまって測定されてしまう
https://www.youtube.com/watch?v=DeyOEu4nocY

18あるケミストさん2017/03/01(水) 23:04:49.93
今時はブログの新着記事はRSSリーダーで即通知するようにしてるのが普通

19あるケミストさん2017/03/01(水) 23:36:30.45
ミネソタのベンチマーク見ても計算コストの割に真新しさがな…て感じ
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.6b00637

ポストB3LYP て言われても一過性で廃れそう

20あるケミストさん2017/03/04(土) 22:22:08.29
>>11
おおっ。 これはありがたい。
これだから2chも情報源として捨てられない。

21あるケミストさん2017/03/05(日) 00:32:55.86
>>19
見ておく

22あるケミストさん2017/03/10(金) 20:58:03.69
gaussian16でGPU計算試した人おる?

23あるケミストさん2017/03/10(金) 22:09:34.48
>>22
16アプデする価値あんのかね?
アプデで200万もブッ飛ぶし
そんな金持ちはおらん

24あるケミストさん2017/03/11(土) 12:05:34.24
>>23
レスありがとうございます。
g09をお持ちであればあまりメリットはないかもしれませんね。

現在g03Wシングルコア版を使ってますがミネソタ汎関数を導入したいので当初はg09UNIXマルチコア版へのアップデートを予定してました。

g16リリースでGPU演算対応になり、計算機をE5-2699(22コア, 2.2GHz) x2からE5-2650(12コア, 2.2GHz) x2へスペックダウンしてtesla K80 2基を搭載させたものを導入予定です。

納期はまだ先なのですが、ベンチマークデータがどこにも見当たらないので、ここならg16でGPU演算してる人がいるかなと思って質問させてもらいました。
HPCさんがベンチマークしてるみたいなので様子見したいと思います。

25あるケミストさん2017/03/11(土) 18:47:29.18
ブレードサーバ1ノード分と考えれば大したことない
この時代にその程度の予算すらないなら
手仕舞いした方が良いのでは?

Gaussianを使うかどうかは別問題だけど

26あるケミストさん2017/03/12(日) 00:38:59.90
>>24
金持ちだなぁ。M06ならgamessでできるけれどな

27あるケミストさん2017/03/12(日) 00:44:30.80
>>25
手じまいしたいというか、ボスが干渉して思うようにいかない

28242017/03/12(日) 02:22:12.88
みなさんレスありがとうございます。

gamess、jaguarのサーバーはあるのですが部署が違うので自由に使えないです。

VCD.NMRスペクトル計算が目的なのでgaussianは必須かなと思います。

当面私1人しか使わない予定で予算も限られてしまいます笑

今気がついたのですがHPCさんでcpuのみのベンチマーク結果出てますね。

29あるケミストさん2017/03/12(日) 07:20:51.93
HPCさんっていくつかあるだろ

30あるケミストさん2017/03/12(日) 11:08:12.59
自分でインストールしたりしないってことなのかな。。。

31あるケミストさん2017/03/12(日) 11:58:51.36
計算機の値段と速さは比例しないよね。そpcでクラスタリングするのが手間でなければやってみたい

32あるケミストさん2017/03/12(日) 20:32:29.81
HTの効果はあんまりでないね

33あるケミストさん2017/03/13(月) 01:10:59.18
HTで処理能力増えるわけじゃないからな
スレッディングが効率化する可能性があるだけで
多くの場合はHT使わない方が速い

34あるケミストさん2017/03/13(月) 11:40:55.76
htってなんじゃらほい

35あるケミストさん2017/03/13(月) 11:43:30.26

36あるケミストさん2017/03/13(月) 11:45:20.95

37あるケミストさん2017/03/13(月) 15:56:45.58
CPUのクロック数が増やせなくなったかコア数を増やすごまかし技術

38あるケミストさん2017/03/13(月) 19:35:09.93
Hyper Threadedてよくて2~3割高速化する程度だろ
全部の計算でhtが有効なわけじゃないしそこまで魅力わないな

39あるケミストさん2017/03/13(月) 23:39:07.68
ht無し4cの新しいi5のpcが4c8tのxeonのwsとそんなに速さが違わなかったりでバカバカしくなった

40あるケミストさん2017/03/13(月) 23:52:22.21
ソースがいじれるならチューニングできるかもしれないがw

41あるケミストさん2017/03/14(火) 19:52:01.08
みなさん日本語でおk?

42あるケミストさん2017/03/14(火) 20:36:58.22
Gaussianってソース配ってたよね?

43あるケミストさん2017/03/14(火) 21:36:52.60
HT意味がよくわからんどころか実コアすら
使いきってないこともある。

44あるケミストさん2017/03/14(火) 22:10:47.07
>>42
そうっすね

45あるケミストさん2017/03/14(火) 22:49:47.57
>>40
ソースね

46あるケミストさん2017/03/15(水) 18:49:49.92
>>42
しかし改造はかなりの難易度だす

47あるケミストさん2017/03/15(水) 20:54:26.00
パフォーマンスが出るように書いてあるコードが読みやすいはずがない
むしろ読みやすいコードは遅くて実用にならないと言ってもいいくらい

48あるケミストさん2017/03/16(木) 18:48:38.84
GAMEESの方が少しわいじれるは(白目)

49あるケミストさん2017/03/16(木) 22:12:33.70
>>39
2倍に手分けした分ほどには、HTで元が取れないんだよね。

50あるケミストさん2017/03/17(金) 08:20:53.37
XeonならCPU複数乗っけないと意味ないだろ

51あるケミストさん2017/03/17(金) 12:05:37.65
何を言いたいのかわからんがXeonもXeon MPシリーズがあるが

52あるケミストさん2017/03/18(土) 08:30:54.89
>>43
ht自体は計算をちょこっとしかアシストしえないのが第一。もう一つはメモリ周りや冷却が追いつかずcpuのブーストが途切れているのかも。

53あるケミストさん2017/03/19(日) 04:30:32.70
レーダー追尾により自然値0.058μSv/hをはるかに上回るガンマー線が27万円程度の測定器で否が応でも計測され続ける
https://www.youtube.com/watch?v=CtiacppR5dk

9:27人工衛星(確実な部分)
https://www.youtube.com/watch?v=-Ls8O7jjK1A

54あるケミストさん2017/03/23(木) 01:08:50.10
hennayagisan1‏@hennayagisan1 4 時間4 時間前
上田泰己氏  理研の税金無駄使い、954万円高級家具カッシーナ・イクスシーの指定購入も大問題 http://1000nichi.blog73.fc2.com/blog-entry-7696.htmlA: [0.090702 sec.]B: [0.094431 sec.]

55あるケミストさん2017/03/23(木) 09:10:42.49
波動関数って何?

56あるケミストさん2017/03/23(木) 11:00:17.89
カメハメハー

57あるケミストさん2017/03/23(木) 11:57:02.44
GGRKS

58あるケミストさん2017/03/23(木) 15:42:33.10
それをパッと答えられる人などいない

59あるケミストさん2017/03/23(木) 15:44:01.79
だから聞いてんだろう()

60あるケミストさん2017/03/23(木) 17:25:32.66
GAMESSみたいなフリーのソフトで溶媒和って計算できるの?

61あるケミストさん2017/03/23(木) 17:30:28.11
>>55
電子の情報が入ってる関数

62あるケミストさん2017/03/23(木) 22:48:28.50
>>60
できるよ

63あるケミストさん2017/03/25(土) 00:47:27.94
【カッシーナ速報】理化学研究所からの開示文書が届きました
https://www.nantoka.com/~kei/diary/?20140530S1

平成23年02月25日入札公告「幹細胞研究開発棟2階交流スペース・ディスカッションルーム2用什器」
リンク先3、4ページ目

物品購入要求
起案年月日 2011年1月14日
依頼要求元 計算生命科学センター設立準備室 合成生物学研究グループ
納入場所 所在地 神戸 建物 幹細胞研究開発棟
使用者 上田 泰己
件名 幹細胞研究開発棟2階交流スペース及び居室用什器
業者 2100417 (株) カッシーナ・イクスシー
合計金額 4,872,000

64あるケミストさん2017/03/25(土) 19:14:31.74
spartanってオモチャ?

65あるケミストさん2017/03/25(土) 20:14:34.78
gamessも速度的には遜色なくなってきてるみたいね。fireflyが使える限りはgamessを使ってなかったけど。意外な本職の人の評でした。gamessのインプットの面倒さ、汎関数、基底関数の少なさが問題ならなければgaussian16を買う必要がないのかな

66あるケミストさん2017/03/25(土) 20:17:48.69
>>64
聞こうと思っていました。かつては良く聞いたけれど、wakoから結構な値段で売られているよね

67あるケミストさん2017/03/25(土) 20:21:42.08
gamessとfireflyは基本同じだけど、gamessはcheck runでエラーが出ていないのに本計算で死ぬようなケースが多いように思う

68あるケミストさん2017/03/26(日) 00:26:09.47
>>64
おもちゃ
買う価値なしとは言わないけどはじめて導入するんだったら
値段も安いし日本のサポートも受けられるしいいのではといった感じ
メール送れば1ヶ月試用できるから試してみたら

反応機構書くように電子の動きを矢印で書けば自動で遷移構造を
表示してくれる機能は面白いと思うよ

69あるケミストさん2017/03/26(日) 09:39:38.41
>>68
ありがとうございます

安いけど安くないからやはり、とりあえず試してからかな
ある程度効果上げられないと買えそうにもないし

70あるケミストさん2017/03/29(水) 20:39:45.01
B3LYPで構造最適化してから、B3LYP-D3で一点エネルギーを出しましたが、思っていたよりも差が小さく出てしまいました。B3LYPで構造最適化した座標で、M06やB97系あるいはmPW1PW91で一点エネルギーを求めて、どれか選んで論文に書けばよろしいのでしょうか?

71あるケミストさん2017/03/30(木) 07:53:55.32
都合のいい結果だけ選んで論文にしようとでもいうのか

72あるケミストさん2017/03/30(木) 09:27:46.41
まあ、その、何と言いますか。現象と一致するモデルを見つけておきたいということです

73あるケミストさん2017/03/30(木) 10:15:36.79
(・∀・)ゲヘラヘラ
(・∀・)ゲヘラヘラ
ワロタヨ(・∀・)

74あるケミストさん2017/03/30(木) 21:25:57.42
みんなやってるって思うけれど。お隣りさんも3つくらい試すって言ってました

75あるケミストさん2017/04/04(火) 23:45:38.91
いくつも試す余裕があるのはうらやましいね。いくつもやらずにB2PLYPとか格上ので計算しちゃうのとどっちが良いんだろね

76あるケミストさん2017/04/05(水) 07:25:42.35
完璧な方法がない以上は複数試すのは不可避
しないのは怠惰
結果の選択と解釈はセンスと倫理の問題

77あるケミストさん2017/04/06(木) 05:25:44.32
プレミア見れない
ブンデス見れない
CLEL見れない
代表も見れねえちきしょう
結果知らされて見れねえちきしょうクソったれ同和のクソ野郎地獄へ落ちろ
音楽聞けねえちきしょう
テレビ見れねえちきしょう
オシムは考えて走るサッカー
アンデションズはよく(十分に)考えて(タイミング計って)車のドア閉めて車(バイク)で通る嫌がらせ
同和のクズ共死ねクソ共がざまあみろ気違い共
ほれ気違い共もっともっとドア閉めろ通れ
それしか能のない能無し共がざまあみろ地獄に落ちろ。悔しいか、ざまあみろくたばれクソ同和
お前らの恐ろしさをもっと見せてみろ。そんなんじゃなんともねえぞ
袋とじ見たぞ。悔しいか、ざまあみろくたばれクソ同和
生きる権利もねえクズ共が藁地獄へ落ちろ
嫌がらせがエスカレートするのが楽しみでしょうがない。今それだけが楽しみだ。俺の生き甲斐藁。それだけ怒ってるってことだもんな藁
ラブホ行ったのがそんなに悔しいかざまあみろチンカス共が藁。思う存分楽しんでくるぞあばよ
椎名茉莉、知っちゃったよ。ラブホに来なければ知らなかったはずだけどな。サンキューお前ら藁
超美形。嬉しくてたまらん。お前らどうしてくれる?藁ほれ赤字分を取り返すために必死になれ
ピザ食ったぞ。羨ましいだろう?藁ざまあみろ
音楽聞いたぞざまあみろ
非人が美人
お前ら音楽聞かせてくれてサンキュー。それもお前らがドア閉めて通ってくれたおかげだ
テレビも見たぞざまあみろ
同和の悪口書けば書くほどドア閉めるってことは嫌がらせしてるのは同和だって証だ
とにかくドア閉めるクソ同和藁(とにかく明るい安村風)
深谷市東方の西死ね

78あるケミストさん2017/04/07(金) 00:00:28.98
B3LYPで構造最適化した後、B3LYP-D3でSPEを求めてみたのですが、
分子量が500以上になって大きくなるほど異性体間での
差が大きく見積もられ過ぎているような
気がします。気がする程度なので確証がないので、とりあえず、
MPW1PW91, M06, B3LYP-D3(BJ), CAMB3LYP-D3, wB97X-Dで
SPEを計算してみる予定ですが、構造最適化をやり直すことなく
SPEを求める際の制約はありますか?PBE0-D3//B3LYPとなっちゃうと、
無理やり合うやつを選んだ感がでちゃいますよね、といって、
B2PLYPのようなdouble hybrid GGAは計算機の能力不足で無理そうです。

79あるケミストさん2017/04/09(日) 00:27:28.93
がんがれ

80あるケミストさん2017/04/12(水) 00:17:42.24
458 名前:名無しゲノムのクローンさん :2016/12/02(金) 00:50:21.89 ID:+Gd0zSfb6
ぶんなまのツァイスのフォーラムで、
宮脇先生が「CUBICは使えない」って言ってた。

459 名前:名無しゲノムのクローンさん :2016/12/02(金) 20:11:43.99 ID:dPWJcUWTd
電顕には、って話じゃなかったっけ?

460 名前:名無しゲノムのクローンさん :2016/12/03(土) 01:13:53.69 ID:/Ed5RTLa6
>>459
「単に透明にして脚光を浴びたいだけ。
論文のデータはバイアスのかかったチャンピオンケース。
蛍光や抗原性は大幅に減弱。
普通は蛍光観察にも免疫染色にも全く使えない。」
って話

81あるケミストさん2017/04/13(木) 17:47:54.61
日本共産党に一票お願いします

82あるケミストさん2017/04/14(金) 01:41:43.90
?@hennayagisan1
上田泰己氏  理研の税金無駄使い、954万円高級家具カッシーナ・イクスシーの指定購入も大問題 http://1000nichi.blog73.fc2.com/blog-entry-7696.html

83あるケミストさん2017/04/16(日) 22:59:37.77
gamessが正常に終わるのに自由エネルギーが0になっちゃうのは何がいかんのでしょう??

84あるケミストさん2017/04/17(月) 09:12:15.10
使い方かな

85あるケミストさん2017/04/17(月) 09:23:23.24
計算化学のメインはやっぱ勇気すか?
無機固体は物理科が主体?

86あるケミストさん2017/04/17(月) 10:59:51.66
勇気を出して飛び込むんだ

87あるケミストさん2017/04/17(月) 22:47:51.74
>>84
よくわからないまま違うpcに入れたら、きちんと自由エネルギーが出ました。意味が分かりません。

88あるケミストさん2017/04/18(火) 01:05:01.32
名無しゲノムのクローンさん[sage] 2014/03/20(木) 05:59:29.24

>>437
カッシーナはOもSも関係ないな
電話代500万円使い込み
オフィスソフトも使えない
元政治家秘書の嫁に
給与払ってた↑田のことだろ
他の教室は普通の家具だが
自分の部屋だけカッシーナらしい
あり得ないぐらい高額だったうえ
入札逃れのためにわざわざ分割発注したから
経理課でも大問題になったとか
金遣いだけでなく産休許可せず雇い止めして
問題起こしたらしいしでもう利権追放されて
灯台に移ってきたと聞いたが

89あるケミストさん2017/04/19(水) 23:08:10.11
gamessのglobaloptimizationにpm3を使ってもその後のDFT計算では最安定ではなさそうでした。HF/STO3Gならもうちょっとマシになりますでしょうか。

90あるケミストさん2017/04/20(木) 21:08:59.73
WIN-GAMESSでの構造最適化で止まってしまいましたが、
FMAXTが10をちょっと超えただけに見えます。何とか乗り越えさせることは
できませんでしょうか?
OPTIMIZATION ABORTED.
-- GRADIENT OUT OF RANGE
-- MAXIMUM ALLOWED FORCE (FMAXT) = 10.000
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY-

91あるケミストさん2017/04/21(金) 21:25:55.05
>>69
前よりなんか割高になってるね
アカデミックでも10万くらいのイメージだったけど
http://www.wavefun.com/japan/products/windows/Spartan14/win_spartan_pricing.html

価格がネックならgamessやfirflyにしておけば

92あるケミストさん2017/04/22(土) 13:12:34.88
>>91
安かったら買ってしまっただろうけど、強気な価格設定のせいでgamessとfireflyを使えるようになったよ。代理店の和光さんもwavefunctionも売る気ないのだろうね

93あるケミストさん2017/04/22(土) 19:10:44.59
spartanって普通に論文とかで出していいものなの?
最近の論文でspartanで計算しましたっていうのを見たことがないんだけど

94あるケミストさん2017/04/22(土) 19:30:19.66
別に構わないだろ

95あるケミストさん2017/04/23(日) 02:21:01.14
計算エンジンはQ-Chemだっけ

96あるケミストさん2017/04/23(日) 02:25:47.20
?@hennayagisan1
上田泰己氏  理研の税金無駄使い、954万円高級家具カッシーナ・イクスシーの指定購入も大問題 http://1000nichi.blog73.fc2.com/blog-entry-7696.html

97あるケミストさん2017/04/24(月) 18:16:17.32
Gaussian16まだ使ってないんだけど
使ってる人いる?

98あるケミストさん2017/04/26(水) 18:46:21.79
>>93
結構いるよ
サイフィンダ〜先輩使えるなら検索してみ

99あるケミストさん2017/04/26(水) 18:52:07.09
>>97
http://www.hpc.co.jp/gaussian.html#modify

真新しいアップデートはなさそうだね
webmoのデモ版でもうすぐ16使えるらしいからそれで少し触って見たい

100あるケミストさん2017/04/26(水) 23:17:14.93
高杉、買えない!

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